L'organizzazione dell'Università degli Studi di Messina è articolata negli organi di governo e nelle strutture interne all'Ateneo.
I vertici dell'Ateneo sono rappresentati da:
Segreteria Generale (Rettorato)
U. ORG. Comunicazione
U. ORG. Servizio Autonomo di Prevenzione e Protezione
Unità di Coordinamento Tecnico Pianificazione Strategica, Controllo di Gestione e Reporting
Unità di Coordinamento Tecnico Analisi dei dati e Sistema di AQ
Unità di Coordinamento Tecnico Organi Collegiali
CIAM - Segreteria tecnica Sistemi e Servizi Informatici
Unità di Coordinamento Tecnico Processi Organizzativi ed elettivi
Unità di Coordinamento Tecnico S.B.A. Sistema Bibliotecario d’Ateneo
Unità di Coordinamento Tecnico Centro linguistico d'Ateneo
Unità di Coordinamento Tecnico Programmazione e Progetti di ricerca
D. A. Organizzazione e Gestione delle Risorse Umane
D. A. Servizi Didattici e Alta Formazione
D. A. Organizzazione e Gestione Risorse Finanziarie
Segreteria Generale
D. A. Attività Negoziale
D. A. Affari Generali
D. A. Ricerca Scientifica e Internazionalizzazione
D. A. Servizi Tecnici
Unità di Coordinamento Tecnico Affari legali e Contenzioso
Segreteria Tecnica Attività Regolatorie
Unità di Coordinamento Tecnico Talent management e formazione
Dipartimento di Civiltà antiche e moderne
Dipartimento di Giurisprudenza
Dipartimento di Medicina clinica e sperimentale
Dipartimento di Patologia umana dell'adulto e dell'età evolutiva "Gaetano Barre…
Dipartimento di Scienze biomediche, odontoiatriche e delle immagini morfologich…
Dipartimento di Scienze chimiche, biologiche, farmaceutiche ed ambientali
Dipartimento di Scienze cognitive, psicologiche, pedagogiche e degli studi cult…
Dipartimento di Scienze matematiche e informatiche, scienze fisiche e scienze d…
C.L.A. Centro Linguistico di Ateneo
Centro di documentazione per la storia dell'Università di Messina
Centro di Riabilitazione Medico-Sportiva
Centro di Ricerca di Economia e Management Sanitario - C.R.E.M.S.
Centro di Ricerca e di Intervento Psicologico
Centro di ricerca interdisciplinare sull'economia del vicino oriente antico
Centro di Simulazione e di didattica innovativa
Centro Europeo di Studi su Mito e Simbolo
Centro Internazionale di Ricerca per le Scienze Cognitive Teoriche e Applicate - C.R.I.S.C.A.T.
Centro Internazionale di Studi sulle Arti Performative - UNIVERSITEATRALI
Centro Internazionale di Studi Umanistici - C.I.S.U.
Centro Messina University Press
Centro per la dissezione delle salme ai fini della formazione, della didattica e della ricerca
Centro per la migrazione, l'integrazione sociale e la comunicazione interculturale - C.E.M.I.
Centro Specializzato Universitario per gli interventi assistiti con gli animali
Centro Studi in Diritto Parlamentare e delle Assemblee Elettive
Centro Universitario di Ricerca per lo Studio degli Ambienti Estremi e degli Estremofili
Centro Universitario di studi di Bioetica - C.E.S.B.
Centro Universitario di Studi per la formazione e la ricerca in diritto privato europeo
Centro Universitario di Studi sui Trasporti Euromediterranei - Elio Fanara - CUST EUROMED
Ospedale Veterinario Universitario Didattico
S.B.A. Sistema Bibliotecario di Ateneo
SIR - Facoltà di Medicina e Chirurgia
SIR - Facoltà di Scienze e Tecnologie